حافظ فقط از بر دارنده کلام الله نیست ( که خود فضیلتی بزرگ است) بلکه  از فضیلت قرآن پژوهی نیز بهره مند است او فقط قاری نیست بلکه در ترتیل و تغنی قرآن هم ید طولائی دارد و مقری است یعنی استادی واقف به ریزه کاری های قرائات و اختلافات آنها؛ در کشور لیبی نیز در حدود یکصد هزار نفر حافظ قرآن دارای گواهینامه هستند، اما باید دید که از هر هزار نفر حافظ قرآن چند نفر قرآن پژوه و قرآن شناسند؟ چند نفر می توانند قران را با چهارده روایت از بر بخوانند و در اختلاف قرائات بحث و استدلال نمایند. تفاوت خواجه شمس الدین محمد حافظ با یک قاری و حافظ در این است که خواجه قایل به اعجاز زبانی و ادبی قرآن است. حافظ هم قر ان شناس بود و هم بلاغت شناس. قران شناس بودن فضل و فرهنگ بسیار می خواهد.

او از شأن نزول آیات قرآن با خبر است و با تفسیر قران انس دارد. آیات مکی و مدنی و ویژگی های آنان را مشروحاً می شناسد. ناسخ و منسوخ محکم و متشابه را میشناسد و از قصص قرآن و فقه قرآن با خبر است. اشاره به قرآن در اشعار حافظ بسیار است گاه این اشعار ساده است:

حافظ بحق قرآن کز شید و زرق باز آی                   باشد که گوی عیشی در این میان توان زد

گفتمش زلف به خون که شکستی گفتا                      حافظ این قصه دراز است به قران که مپرس